真菌群落结构分析
检测项目
多样性分析：
α多样性：Shannon指数、Simpson指数（参照ISO20100标准）
β多样性：Bray-Curtis距离、Jaccard相似性系数
物种丰富度：OTU数量统计、Chao1估计值
丰度测定：
相对丰度：属水平比例（≥0.01%检出限）
绝对丰度：16SrRNA基因拷贝数（qPCR定量）
稀有物种占比：低频OTU检出率
分类学鉴定：
OTU聚类：97%相似度阈值（参考SILVA数据库）
物种注释：真菌门、纲、目分类准确性
系统发育树构建：最大似然法支持值
功能基因分析：
功能预测：PICRUSt2算法酶通路丰度
代谢途径：碳水化合物活性酶（CAZy）分布
致病基因：毒力因子检出频率
群落组成：
优势菌群比例：前10属占比（≥20%丰度）
核心微生物组：样本间共享OTU数量
群落结构：PCoA坐标分析
环境因子关联：
相关性分析：Spearman秩相关系数（ρ≥0.5）
冗余分析（RDA）：环境变量解释率
共现网络：节点连接度计算
质量控制：
序列过滤：Q30质量得分（≥90%）
嵌合体去除：UCHIME算法检出率
PCR偏差：扩增效率校正（95-105%）
样品处理：
DNA提取：纯度A260/280比（1.8-2.0）
文库构建：片段大小200-500bp
PCR扩增：引物特异性检测
统计检验：
差异分析：ANOSIM检验（R值）
群落比较：PERMANOVAP值（<0.05）
时间序列：NMDS排序应力值
进化分析：
系统发育多样性：Faith'sPD指数
分支长度：进化树节点支持度
分子钟模型：进化速率估计
检测范围
1.土壤样本：农田、森林及退化土壤，重点检测微生物多样性变化与有机质关联
2.水样样本：饮用水源、废水处理系统，侧重病原真菌丰度及水质安全评
3.食品样本：谷物、发酵制品及乳品，检测真菌污染水平与腐败风险
4.临床样本：人体组织、分泌物及排泄物，聚焦真菌感染病原鉴定与耐药性
5.植物样本：根际土壤、叶片及种子，评估共生真菌功能与植物健康
6.空气样本：室内外空气颗粒物，检测孢子浓度及过敏原分布
7.工业样本：生物反应器、发酵罐污泥，分析工艺相关真菌群落动态
8.考古样本：文物表面、古沉积物，研究降解真菌群落及保护策略
9.动物样本：粪便、皮肤及肠道内容物，检测动物源真菌多样性
10.极端环境样本：高温泉、高盐湖，鉴定嗜极真菌适应性机制
检测方法
国际标准：
ISO20100:2020微生物群落高通量测序数据分析
IlluminaMiSeqProtocolv3双端测序文库构建
QIIME2Pipeline2023.9生物信息学流程
国家标准：
GB/T38502-2020环境微生物DNA提取方法
GB/T39548-2020真菌群落多样性计算规范
GB/T40219-2021高通量测序质量控制
方法差异说明：国际标准ISO20100采用Illumina平台，侧重原始数据处理，而国家标准GB/T38502-2020优先Sanger验证以提高准确性；
QIIME2流程支持多平台整合，对比GB方法强调本地化数据库适配。
检测设备
1.高通量测序仪：IlluminaNovaSeq6000（读长2x150bp，通量400Mreads）
2.实时荧光定量PCR仪：AppliedBiosystems7500（检测限1拷贝，动态范围10^9）
3.荧光显微镜：OlympusBX53（放大倍数1000x，分辨率0.2μm）
4.DNA提取工作站：QIAcubeHT（通量96样品，提取效率≥95%）
5.高速离心机：Eppendorf5425R（转速15000rpm，容量4x100mL）
6.恒温培养箱：MemmertIPP110（温度范围5-70°C，精度±0.1°C）
7.超低温冰箱：ThermoScientificTSX700（温度-80°C，容积700L）
8.生物安全柜：ESCOAirstream（洁净度ClassII，气流速度0.5m/s）
9.PCR扩增仪：Bio-RadT100（温度精度±0.1°C，梯度功能）
10.凝胶成像系统：Bio-RadChemiDocMP（分辨率4.2MP，灵敏度1pgDNA）
11.分光光度计：NanoDrop2000（波长230-850nm，样品体积1μL）
12.振荡培养箱：NewBrunswickInnova42（转速50-300rpm，温度控制±0.5°C）
13.自动移液器：EppendorfResearchplus（体积范围0.1-1000μL，精度±0.5%）
14.数据分析服务器：DellPowerEdgeR740（CPU28核，存储100TB）
15.高通量文库制备仪：BeckmanBiomeki7（通量384样品，误差率≤0.01%）
